El Consejo Nacional de Salud (CNS) constituye los Comités Nacionales (CN). El CNS define las tareas de los CN.

La función que tiene los CN es de carácter consultivo, y se encargan del tratamiento puntual y especializado de los temas que les derive el CNS, sin perder de vista la finalidad del SNCDS que es la de lograr la concertación y la adecuada coordinación entre los componentes del SNCDS sobre temas de interés común, especialmente en lo relacionado a las Políticas Nacionales de Salud, Planes y Programas de Salud.

Cada componente del CNS puede designar a un representante en cada CN a excepción de los representantes de los servicios de salud privados, los trabajadores del sector y las organizaciones sociales de la comunidad que son elegidos anualmente. Cada CN está conformado por un representante Titular y un Alterno:

Cada CN puede proponer al CNS la designación de hastatres expertos y están facultados para contar con asesoría nacional e internacional.

Los Comités Nacionales que en la actualidad están activos son: