La estructura orgánica del Ministerio de Salud ha sido aprobada mediante Decreto Supremo N° 011-2017-SA, la cual responde a la estructura básica establecida en su Ley de Organización y Funciones, aprobada mediante Decreto Legislativo N° 1161. Está compuesta por órganos y unidades orgánicas definidas hasta un tercer nivel organizacional, las cuales buscan desarrollar y dar cumplimiento a los objetivos institucionales y sectoriales.